潔凈手術室的選址一方面關系到與相關科室的合作是否便利、方便，另一方面，由于手術室的設備層會發生設備噪音、進排風噪音、及設備運行轟動等，其選址還要考慮對周圍的環境影響，甚至要考慮其相關相鄰的科室發生的設備噪音、氣體排放等對周圍環境的影響。其他如水、電、氣、汽管路長短，手術室設備運輸及后期修理（更新）等。這些因素都需要在前期選址規劃時充分考慮。 潔凈手術室一般設在病房樓，門診手術室設在門診樓，急診手術室設在急診科。潔凈手術室選址或在病房樓5層以下，或處在病房樓中間層，或設在病房樓頂層。不同的選址各有利弊。

潔凈手術室選址在5層以下 其長處是附近門診醫技，而且可以與門診手術室、急診手術室等近距離同享病理科、消毒供應室等，給排水管路、氣體管路、線纜及橋架均較短（供水設備、氣源、配電室一般坐落一層或地下室），污物運送途徑也很短。 缺陷是設備層會對附近樓層形成影響，尤其是附近樓層設病區時。 潔凈手術室選址在中間層 其長處是可以完成手術室凈化設備與病房樓設備層設備集成布置，一半病區運送術前術后病人途徑大大縮短。給排水管路、氣體管路、線纜及橋架敷設長度居中，污物運送途徑長短也居中。 缺陷是設備層會對附近樓層病區形成影響，無法與門診手術室、急診手術室近距離同享病理科、消毒供應室。

關于凈化空調的保護與保養 另外，凈化空調體系的日常保護和保養也是十分要害的，這將直接影響到空調的正常運用，也就直接關系到潔凈區的凈化級別與溫度、濕度是否合格。在手術間內空調溫度與濕度不能控制在適合范圍內時，應及時告訴維保人員，對空調體系進行檢查，找出問題及時處理，以保證手術室凈化的正常運轉。