潔凈手術室的選址一方面關系到與相關科室的合作是否便利、方便，另一方面，由于手術室的設備層會發生設備噪音、進排風噪音、及設備運行轟動等，其選址還要考慮對周圍的環境影響，甚至要考慮其相關相鄰的科室發生的設備噪音、氣體排放等對周圍環境的影響。其他如水、電、氣、汽管路長短，手術室設備運輸及后期修理（更新）等。這些因素都需要在前期選址規劃時充分考慮。 潔凈手術室一般設在病房樓，門診手術室設在門診樓，急診手術室設在急診科。潔凈手術室選址或在病房樓5層以下，或處在病房樓中間層，或設在病房樓頂層。不同的選址各有利弊。

潔凈手術室選址在5層以下 其長處是附近門診醫技，而且可以與門診手術室、急診手術室等近距離同享病理科、消毒供應室等，給排水管路、氣體管路、線纜及橋架均較短（供水設備、氣源、配電室一般坐落一層或地下室），污物運送途徑也很短。 缺陷是設備層會對附近樓層形成影響，尤其是附近樓層設病區時。 潔凈手術室選址在中間層 其長處是可以完成手術室凈化設備與病房樓設備層設備集成布置，一半病區運送術前術后病人途徑大大縮短。給排水管路、氣體管路、線纜及橋架敷設長度居中，污物運送途徑長短也居中。 缺陷是設備層會對附近樓層病區形成影響，無法與門診手術室、急診手術室近距離同享病理科、消毒供應室。

手術室凈化系統通過凈化空調機組過濾手術室內空氣中含有的塵土顆粒，阻止空氣中含有10微米以上，減少0.5微米以上的塵土顆粒進入手術室，影響和破壞凈化空氣，從而達到手術室內空氣相對清潔的作用。 一、 關于手術間內凈化空氣與細菌菌落的聯系 細菌是通過附著物才干生計下來的，而空氣當中所包括的塵土顆粒其實便是空氣中細菌滋生的附著物。所以在通過凈化后的潔凈手術室內可以有用的遏止細菌滋生。潔凈區通過凈化的空氣內適合細菌生計的大顆粒塵土已被過濾掉，屬于不利于細菌生計的環境，所以潔凈手術間內也就不用再故意的進行物理消毒。只需在手術前30分鐘啟動手術室凈化空調機組，對空氣進行自凈，就可以保證手術間內空氣達到相應級別的凈化程度。但對于污染手術術后手術床表面及有污物低落的地上，還是建議用消毒水進行處理。這樣更能保證手術的安全性。